Здравствуйте! Это нормально, т.к. величина напряжения пробоя пропорциональна давлению в цилиндре. Чем выше давление, тем большую энергию должна выдать катушка чтобы пробить искровой зазор. Это конечно не единственный фактор, влияющий на величину напряжения пробоя, но в данном случае он определяющий, т.к. рассматривается зависимость напряжения пробоя от оборотов. На Вашем скрине с повышенными оборотами скорее всего зафиксирован момент, когда дроссель уже закрыт, а обороты ещё высокие и в цилиндрах давление уже упало. Чтобы убедиться в этом надо воспользоваться режимом самописца. Вы увидете, что при открытии дросселя напряжение резко возрастёт и будет повышено пока наполнение цилиндров воздухом будет достаточным для поддержания оборотов, а по мере закрытия заслонки напряжение станет понижаться.
По поводу срыва синхры - действительно настройка логического канала довольно хлопотна и не всегда получается обеспечить устойчивую синхронизацию на прогазовке. Эффективный способ настройки предложил Eugene, посмотрите здесь
viewtopic.php?f=2&t=255&start=40#p4811